Para priorizar los macroecosistemas que deben ser conservados en el corto plazo se asignaron puntajes a distintas variables para cada macroecosistema como un indicador del índice de prioridad de conservación (PRI). La prioridad de conservación está determinada por la sumatoria de los siguientes puntajes: representatividad de macro-ecosistemas protegidos bajo alguna figura de conservación (REP), efectividad de gestión de aquellas AMP evaluadas por Guijón et al. (2021; EFE) y niveles de amenaza de cada una de las tres principales identificadas (salmonicultura: SAL, tráfico marítimo: NAV y pesca industrial, PES) en Hucke-Gaete et al. (2021).

No obstante, los avances en conservación de la última década en Chile, seguimos con importantes brechas, obstáculos, y desafíos que enfrentar:
 la alta prioridad que se le da a las iniciativas productivas y extractivas; baja prioridad en protección marina en zonas costeras; un confuso y complejo sistema administrativo tanto en la toma de decisiones como en la gestión de AMPs; vacíos financieros y carencia en la planificación

De esta manera es fundamental enfocar los esfuerzos hacia aquellos ecosistemas más amenazados con el objeto de que no colapsen y es donde la academia y las ONGs pueden jugar un rol importante en la coordinación y colaboración para guiar a cumplir las metas y estrategias establecidas, y donde se pueden hacer propuesta para que el desarrollo, particularmente sostenible de las comunidades que viven de los servicios ecosistémico, sea y esté vinculado a la protección de la naturaleza.